Генерал-майор Михаил Богданович Барклай де Толли в войне с Наполеоном 1806–1807 годов командовал авангардом, а затем арьергардом армии Беннигсена. 23 декабря у Колозомба на Вкре успешно сдерживал переправу неприятельских войск. Отличился в сражении при Пултуске 26 декабря, где командовал отрядом на правом фланге позиций. «При храбрости и неустрашимости сего генерала, – сказано о Барклае в донесении Беннигсена о Пултусском сражении, – принуждён он был уступить жестокому и стремительному нападению». В последующие дни прикрывал отступление основных сил Беннигсена в сторону Кёнигсберга. При этом почти непрерывно пехота и кавалерия Барклая де Толли находились под огнём и отбивали атаки превосходящих сил неприятеля. 6 февраля до самой ночи защищал позиции в бою при Хофе, против самого Наполеона. 7 февраля сдерживал продвижение Наполеона в Прейсиш-Эйлау, неся огромные потери. Сам генерал-майор Барклай де Толли лично сражался до конца дня и уже в сумерках был ранен в правую руку. Неприятельская пуля сломала кость. Почти без памяти от боли, генерал мог погибнуть в общей свалке, но унтер-офицер Изюмского гусарского полка Сергей Григорьевич Дудников успел подхватить его, посадил на свою лошадь и вывез из боя.
На лечение Михаила Богдановича Барклая де Толли перевезли в Кёнигсберг, а затем в Мемель. Здесь, 18 и 19 апреля 1807 года генерала дважды навестил император Александр I. Внимательно выслушав мнение Барклая де Толли о будущем войны с Наполеоном (в том числе о возможности применения тактики «выжженной земли»), император проникся полным доверием к его военным способностям.
За отличия в кампании 1806–1807 годов Барклай де Толли получил ордена Святого Георгия 3-й степени, Святого Владимира 2-й степени, Святой Анны 1-й степени и чин генерал-лейтенанта.