Карл Фёдорович Багговут начал службу в российской армии в 17 лет, в Тобольском пехотном полку, в чине подпоручика. Он сражался с татарами и турками, поляками, шведами и французами.
В 1812 коду генерал-майор Багговут командовал 2-м пехотным корпусом. В Бородинском сражении его полки в критический момент подкрепили поредевшие войска левого крыла.
В сражении при Тарутино 6 октября 1812 года, когда генерал Багговут вёл в бой свою колонну, его сразило неприятельское ядро. Смерть пришла к нему в 50 лет. Детей и состояния после себя Карл Фёдорович не оставил.