После подавления восстания на Сенатской площади и начала следствия над его участниками военный министр А.И. Татищев направил А.П. Ермолову предписание об аресте Грибоедова «со всеми принадлежащими ему бумагами». Есть мнение, что Ермолов дал возможность Александру Сергеевичу уничтожить наиболее компрометирующие его рукописи. Арест был произведен 22 января 1826 года, а 11 февраля Грибоедов был доставлен в Санкт-Петербург.
Первоначально Грибоедова доставили в канцелярию Главного штаба, а оттуда направили на Главную гауптвахту в Петропавловской крепости. Как предполагается, 12 февраля Александра Сергеевича допросил член Следственного комитета (позже переименован в Следственную комиссию) генерал-лейтенант В.В. Левашов. После допроса было принято решение о содержании Грибоедова в здании Главного штаба, куда помещали «менее замешанных в деле».
Арестованных собрали в помещении, которое, приезжая в столицу, занимал начальник штаба 1-й армии генерал К.Ф. Толь. В период следствия там содержалось 13 человек (включая Грибоедова). Режим содержания был нестрогим. Грибоедова по ночам выпускали «подышать свежим воздухом». Рассказывали, что по ночам он даже ходил к своему другу А.А. Жандру «ужинать и играть на фортепьяно».
Грибоедов несколько раз вызывался на допросы в Следственную комиссию (количество допросов у историков варьируется от 3 до 5). Все показания в свой адрес Александр Сергеевич твердо отрицал. Члены Следственного комитета почти сразу готовы были оправдать и освободить Грибоедова, но Николай I предпочел не торопиться.
Только в конце мая – первых числах июня 1826 года император, утвердив мнение следователей, вынес решение: «Выпустить с очистительным аттестатом». 2 июня Грибоедов был освобожден от ареста. 6 июня Грибоедова и еще пятерых оправданных принял Николай I. Все получили годовое жалованье и производство в следующий чин. Грибоедов стал надворным советником.